雖然矩陣式組織結構有許多優(yōu)點，但同樣也有一些不足，主要有：

（1）項目管理權力平衡困難。矩陣式組織結構中項目管理的權力需要在項目經(jīng)理與職能部門之間平衡，這種平衡在實際工作中是不易實現(xiàn)的。

（2）信息回路比較復雜。在這種模式下，信息回路比較多，即要在項目團隊中進行，還要在相應的部門中進行，必要時在部門之間還要進行，所以易出現(xiàn)交流、溝通不夠的問題。

（3）項目成員處于多頭領導狀態(tài)。項目成員正常情況下至少要接受兩個方向的領導，即項目經(jīng)理和所在部門的負責人，容易造成指令矛盾、行動無所適從的問題。