通過上述的分析可以看到，不論是單因素方差分析還是多因素方差分析，控制因素都是可控的，其各個水平可以通過人為的努力得到控制和確定。但在許多實際問題中，有些控制因素很難人為控制，但它們的不同水平確實對觀測變量產(chǎn)生了較為顯著的影響。
例如，在研究農(nóng)作物產(chǎn)量問題時，如果僅考察不同施肥量、品種對農(nóng)作物產(chǎn)量的影響，不考慮不同地塊等因素而進行方差分析，顯然是不全面的。因為事實上有些地塊可能有利于農(nóng)作物的生長，而另一些卻不利于農(nóng)作物的生長。不考慮這些因素進行分析可能會導致：即使不同的施肥量、不同品種農(nóng)作物產(chǎn)量沒有產(chǎn)生顯著影響，但分析的結(jié)論卻可能相反。
再例如，分析不同的飼料對生豬增重是否產(chǎn)生顯著差異。如果單純分析飼料的作用，而不考慮生豬各自不同的身體條件（如初始體重不同），那么得出的結(jié)論很可能是不準確的。因為體重增重的幅度在一定程度上是包含諸如初始體重等其他因素的影響的。
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