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應(yīng)當(dāng)按照合同約定結(jié)算工程價款，這是工程結(jié)算的首要標(biāo)準(zhǔn)。包括：合同約定是按照固定價格結(jié)算的，應(yīng)當(dāng)尊重合同約定，不能據(jù)實結(jié)算，也不能采用其他的計價方法和計價標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算。合同約定的結(jié)算方式是成本加酬金方式或者可調(diào)價結(jié)算的，應(yīng)當(dāng)按照合同約定的計價方法和計價標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算。施工中當(dāng)事人就工程量或者工程價款變更達(dá)成的洽商記錄，像簽證、會談紀(jì)要、工作聯(lián)系單等意思表示明確的，應(yīng)當(dāng)認(rèn)定其性質(zhì)為合同變更的情形，不違反法律強(qiáng)制性規(guī)定的，應(yīng)當(dāng)認(rèn)定洽商記錄有效。因設(shè)計變更導(dǎo)致建設(shè)工程的工程量或者質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)發(fā)生變化，當(dāng)事人對該部分工程價款不能協(xié)商一致的，可以參照建設(shè)工程施工合同時當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)行政主管部門發(fā)布的計價方法或者計價標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算工程價款。“可以參照”是一個倡導(dǎo)性條款，即一般按照當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)行政主管部門發(fā)布的計價方法或者計價標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算工程價款，按照這一標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算工程價款，相對而言，符合當(dāng)事人簽約時的客觀實際情況，符合隨行就市的商業(yè)交易慣例，一般講也有利于平衡雙方當(dāng)事人利益;但并不是對所有的案件而言都是公平的，個別案件在適用這一標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算時，可能出現(xiàn)不公平的情況，在這種情況下就可以參照定額標(biāo)準(zhǔn)或者清單計價規(guī)范等標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算工程價款?？傊蛟O(shè)計變更導(dǎo)致建設(shè)工程的工程量或者質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)發(fā)生變化時，無法按照原合同約定結(jié)算工程價款，原合同喪失了應(yīng)當(dāng)適用的基礎(chǔ)，失去了結(jié)算工程價款的標(biāo)準(zhǔn);這種情況下，人民法院首先應(yīng)當(dāng)鼓勵當(dāng)事人自行協(xié)商達(dá)成協(xié)議，重新確立結(jié)算標(biāo)準(zhǔn);協(xié)商不成的，參照當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)行政主管部門發(fā)布的計價方法或者計價標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算工程價款;不宜參照的，根據(jù)案件具體情況，確定其他結(jié)算標(biāo)準(zhǔn)。

一般情況下，應(yīng)當(dāng)按照合同約定結(jié)算工程價款，工程經(jīng)竣工驗收合格后，雙方就應(yīng)當(dāng)結(jié)算。結(jié)算中，一般先由承包人提交竣工結(jié)算報告，由發(fā)包人審核。而有的發(fā)包人收到承包人提交的工程結(jié)算文件后遲遲不予答復(fù)或者根本不予答復(fù)，以達(dá)到拖欠或者不支付工程價款的目的。這種行為嚴(yán)重侵害了承包人的合法權(quán)益。為了制止這種不法行為，建設(shè)部發(fā)布的《建筑工程施工發(fā)包與承包計價管理辦法》第16條規(guī)定，發(fā)包人應(yīng)當(dāng)在收到竣工結(jié)算文件后的約定期限內(nèi)予以答復(fù)。逾期未答復(fù)的，竣工結(jié)算文件視為已被認(rèn)可。合同對答復(fù)期限沒有明確約定的，可認(rèn)為約定期限均為28天。這條規(guī)定對制止發(fā)包人無正當(dāng)理由拖欠工程款的不法行為，保護(hù)承包人的合法權(quán)益發(fā)揮了很大作用。為了更好地約束雙方當(dāng)事人，使建設(shè)部的這條規(guī)定更具有可操作性，《解釋》第20條明確規(guī)定，當(dāng)事人約定，發(fā)包人收到竣工結(jié)算文件后，在約定期限內(nèi)不予答復(fù)，視為認(rèn)可竣工結(jié)算文件的，按照約定處理。承包人請求按照竣工結(jié)算文件結(jié)算工程價款的，應(yīng)予支持，體現(xiàn)了充分尊重合同當(dāng)事人約定的原則。

實務(wù)中的主要問題是對不確定的合同造價的過程控制，針對建設(shè)工程的“三邊”狀況以及合同造價失控的現(xiàn)狀，為便于對決算程序過程控制，便于合同的履行為實際操作，對策之一是在設(shè)定承發(fā)包合同時增加工程造價過程控制的內(nèi)容，按工程形象進(jìn)度分階段進(jìn)行預(yù)決算并確定相應(yīng)的操作程序，使承發(fā)包合同簽約時不能確定的工程造價，在合同履行過程中按約定的程序得到確定，從而避免可能出現(xiàn)的工程造價糾紛。