在管理過(guò)程中存在的問(wèn)題可以分為以下幾個(gè)方面：

　　1）資金不足，管理難度較大。農(nóng)田水利工程在建設(shè)過(guò)程中，其投入的資金大致分為兩個(gè)部分，一部分是來(lái)自國(guó)家補(bǔ)貼，另一部分則是有群眾以及鄉(xiāng)鎮(zhèn)等籌集而來(lái)，絕大多數(shù)都無(wú)法以現(xiàn)金的形式出現(xiàn)，并且在建設(shè)過(guò)程中，會(huì)計(jì)人員會(huì)根據(jù)材料和工人的薪資與投入的資金相互抵銷，這就導(dǎo)致水利工程因資金不足而無(wú)法全面的管理，水利工程也就無(wú)法提高其經(jīng)濟(jì)效益。

　　2）小型水利工程不如大型水利工程建設(shè)那般，可以很快見(jiàn)到社會(huì)經(jīng)濟(jì)效益與收益，因此在小型水利工程進(jìn)行招投標(biāo)及竣工的過(guò)程中存在著較大的難度。農(nóng)田水利工程的建設(shè)資金是由國(guó)家補(bǔ)貼以及政府與群眾籌集而獲得的，在工程建設(shè)過(guò)程中，除開國(guó)家能夠保證資金到位之外，地方政府與群眾所籌集的資金一般很難到位，再加上其資金一般都是當(dāng)工程建設(shè)完畢之后采取抵銷的方式進(jìn)行資金的投入，這就加大了工程在建設(shè)過(guò)程中的資金流通。此時(shí)往往因?yàn)橘Y金的缺乏而無(wú)法購(gòu)買較好的材料與設(shè)備，無(wú)法保證水利工程的施工質(zhì)量，不利于后期技術(shù)人員的管理。

　　3）農(nóng)田水利工程的施工階段降低了政府部門對(duì)其建設(shè)的監(jiān)管力度。在農(nóng)田水利工程建設(shè)過(guò)程中，我國(guó)水利部門的主要工作也就是采用當(dāng)前現(xiàn)行的相關(guān)法律制度以及相關(guān)建設(shè)標(biāo)準(zhǔn)來(lái)對(duì)其進(jìn)行全面監(jiān)管，保證水利工程的施工質(zhì)量，加強(qiáng)水利工程的監(jiān)管工作。但是目前，很多水利部門直接參與到水利工程的建設(shè)當(dāng)中，而沒(méi)有充分發(fā)揮其監(jiān)管作用，最終無(wú)法有效的提高工程的施工質(zhì)量，降低了其使用價(jià)值。