l、設施老化、基礎薄弱

有些地區(qū)現有的農田灌溉水利工程普遍存在設施老化、年久失修、維護不及時、維修不到位，嚴重影響灌溉功能，造成灌溉效果逐漸下降甚至喪失。有的地區(qū)即使有新建灌溉工程建設項目，但也因后續(xù)資金不足出現停工停建現象，使節(jié)水灌溉工程無法按時完工投入使用，影響了水利工程體系的建設。

2、資金機制不健全、監(jiān)管不徹底

近年來國家雖然加大了投入力度，但各地仍普遍存在投入機制不健全，資金投入仍是以國家投入為主要形勢，投資主體過于單一，缺少社會各界資金的投入，而且投資機制也不夠健全，缺乏有效有力的監(jiān)管措施與監(jiān)管力度，造成專項資金不專用，嚴重影響了農田水灌溉工程的建設和發(fā)展。

3、缺乏宣傳與推廣

現階段我國的農田水利節(jié)水灌溉只是在部分地區(qū)采用，并未在全國范圍內推廣使用，尤其是一些偏遠、經濟較落后以及水資源相對不缺乏地區(qū)，對農田節(jié)水灌溉工程的參與性與認識性不高，還停留在傳統農業(yè)生產模式中，相關部門缺乏必要的宣傳與推廣，使人們不能及時了解并認知農田節(jié)水灌溉的益處與歷史意義，嚴重阻礙了農田水利工程的良好發(fā)展。

4、缺乏地區(qū)、地域規(guī)劃

在一些地區(qū)農田節(jié)水灌溉工程建設較好的地區(qū)缺乏科學布局、合理規(guī)劃，沒有針對本地區(qū)的實際情況因地制宜，而且已建成的設施、設備和高效節(jié)水灌溉新技術沒有得到及時推廣應用，造成投入高、應用少、收益低的局面，嚴重影響了農業(yè)經濟于農田節(jié)水灌溉工程的持續(xù)發(fā)展。

5、職權不清、提高專業(yè)隊伍的專業(yè)水平

一些地區(qū)農田水利工程存在著管理無序、職責不清、管理脫節(jié)、責任不到位。出現問題相互推諉的不良現象，日常缺少有序的管理，有的地區(qū)甚至出現人為、惡意的對農田水利工程破壞的行為，造成設施工程壽命短、使用率低。而且各地大都存在專業(yè)隊伍不健全、缺乏先進的專業(yè)知識等，極大地影響了水利工程的健康發(fā)展。