工程建設(shè)指揮部多數(shù)是項目法人為對在建項目實施管理而成立的臨時機構(gòu)。但有些是以工程建設(shè)指揮部的名義與施工單位簽訂的工程建設(shè)合同。此時若發(fā)生工程欠款訴訟，訴訟主體的選擇主要取決于工程建設(shè)指揮部的法律地位。如果工程建設(shè)指揮部依法設(shè)立，并且具備獨立的法人資格，其實際法律地位與項目法人的法律地位相同，只是稱謂不同，或者工程建設(shè)指揮部是項目法人的子公司，此時的工程建設(shè)指揮部具有獨立訴訟主體資格，施工單位提起工程欠款訴訟時應(yīng)以工程建設(shè)指揮部為被告。

　　如果工程建設(shè)指揮部是項目法人的分支機構(gòu)，施工單位提起工程欠款訴訟時訴訟主體的確定則取決于該工程建設(shè)指揮部作為分支機構(gòu)是否依法設(shè)立并領(lǐng)取營業(yè)執(zhí)照。

　　若該工程建設(shè)指揮部依法設(shè)立并領(lǐng)取營業(yè)執(zhí)照，則該工程建設(shè)指揮部屬于民事訴訟法第四十九條所規(guī)定的其他組織，根據(jù)民事訴訟法第四十九條的規(guī)定，公民、法人和其他組織可以作為民事訴訟的當(dāng)事人，該工程建設(shè)指揮部具備訴訟主體資格，施工單位可以選擇該工程建設(shè)指揮部作為被告提起訴訟。在勝訴進(jìn)入執(zhí)行程序后，如果該工程建設(shè)指揮部沒有償債能力，施工單位可以在執(zhí)行階段申請變更設(shè)立該工程建設(shè)指揮部的項目法人為被執(zhí)行人，人民法院可以裁定執(zhí)行項目法人的財產(chǎn)。

　　若該工程建設(shè)指揮部非依法設(shè)立或者雖依法設(shè)立但并沒有領(lǐng)取營業(yè)執(zhí)照時，根據(jù)最高人民法院《關(guān)于適用〈中華人民共和國民事訴訟法〉若干問題的意見》第41條規(guī)定，法人非依法設(shè)立的分支機構(gòu)，或者雖依法設(shè)立，但沒有領(lǐng)取營業(yè)執(zhí)照的分支機構(gòu)，以設(shè)立該分支機構(gòu)的法人為當(dāng)事人，此時該工程建設(shè)指揮部不具備訴訟主體資格，應(yīng)以設(shè)立該工程建設(shè)指揮部的項目法人為被告。